Bp Javier Echevarría urodził się w Madrycie 14 czerwca 1932 r. Był najmłodszym z ośmiu rodzeństwa. Swoje pierwsze studia ukończył w San Sebastian, w szkole Ojców Marianistów i kontynuował swoje kształcenie w Madrycie, w szkole Braci Marystów.
W 1948 roku poznał w akademiku kilku młodych ludzi z Opus Dei. W dniu 8 września tego samego roku, czując się powołanym przez Boga, aby dążyć do świętości w życiu codziennym, poprosił o przyjęcie do Opus Dei.
Rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie w Madrycie i kontynuował je w Rzymie. Otrzymał doktorat z prawa kanonicznego na Uniwersytecie Papieskim Św. Tomasza (1953) oraz z prawa cywilnego na Papieskim Uniwersytecie Laterańskim (1955).
Święcenia kapłańskie otrzymał w dniu 7 sierpnia 1955 roku. Ściśle współpracował ze św. Josemaríą Escrivą de Balaguerem, którego był sekretarzem od 1953 aż do jego śmierci w 1975 roku.
W 1975 roku, kiedy Álvaro del Portillo został następcą św. Josemaríi, prał. Javier Echevarría został mianowany sekretarzem generalnym Opus Dei, a w 1982 roku wikariuszem generalnym.
W 1994 roku, po śmierci bł. Álvaro, został wybrany prałatem Opus Dei, a 6 stycznia 1995 roku, w bazylice Świętego Piotra, otrzymał z rąk św. Jana Pawła II święcenia biskupie
Od początku swej posługi prałackiej, miał jako swoje priorytety ewangelizację na polu rodziny, młodzieży i kultury. Rozpoczął stałą pracę formacyjną Prałatury w 16 krajach, między innymi w Rosji, Kazachstanie, RPA, Indonezji i Sri Lance. Podróżował również na wszystkie kontynenty, by pobudzać pracę ewangelizacyjną wiernych i współpracowników Opus Dei. Zachęcał do podejmowania licznych inicjatyw na rzecz imigrantów, chorych i opuszczonych. Ze szczególną uwagą śledził i promował pracę różnych hospicjów dla nieuleczalnie chorych
Napisał wiele listów duszpasterskich i kilka książek o duchowości, takich jak Drogi życia chrześcijańskiego, Aby służyć Kościołowi, Getsemani, Eucharystia i życie chrześcijańskie, Żyć Mszą Świętą i Wierzę, wierzymy. Jego najnowsza książka to zbiór rozważań o dziełach miłosierdzia, która nosi tytuł Miłosierdzie i życie codzienne.
Był członkiem Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych i Sygnatury Apostolskiej. Brał udział w synodach biskupów w 2001, 2005 i 2012 roku oraz poświęconym Ameryce (1997) i Europie (1999).
Uroczystości pogrzebowe miały miejsce w czwartek 15 grudnia, o godzinie 19, w Bazylice di Sant’Eugenio w Rzymie.